福建省海洋生态保护与修复重点实验室于2019年6月18日由福建省科学技术厅批准建设，依托自然资源部第三海洋研究所，整合海洋生物多样性研究室、海洋与海岸地质实验室、海洋环境管理与可持续发展研究中心等涉及海洋生态保护与修复的优势科研力量组建形成，是我国海洋生态系统保护与修复研究领域起步较早的研究团队，在海滩、珊瑚礁、红树林、海岛、河口海湾等海洋生态系统保护与修复，海洋珍稀动物保护等方面具有良好的研究基础。

重点实验室经过两年半的建设，在科学理论研究、技术研发与推广应用、基础设施建设、开放交流共享等方面取得了长足发展。建设期获批国家重点研发计划3项，国家自然科学基金项目8项（重点项目1项，面上项目5项，青年基金2项），省部级项目15项，各类地方技术服务项目44项，总经费9000多万元；获省部级奖3项，其中一等奖2项，二等奖1项。资助开放基金16个，举办学术会议8次，其中国际学术会议3次。

2022年6月，福建省科学技术厅生产力促进中心对重点实验室开展现场验收，认定重点实验室在科研水平与研究成果、科研条件与运行管理、人才队伍建设、学术交流与开放服务、依托单位支持等方面均完成或超额完成各项建设任务和指标，实验室的建设推动了我国海洋生态保护与修复理论和技术发展，促进了福建省海洋生态保护与海洋经济发展，同意通过验收。2022年7月，福建省科学技术厅正式下发通知文件，并于近日寄送牌匾，予以本实验室正式授牌运行。