国家海洋局第三海洋研究所坚持“开放、流动、联合、竞争”原则，积极开展对外交流，合作项目呈逐年上升态势。 2001 年以来，我所先后与美、日、法、德、瑞典等国家的数十个研究机构建立了合作关系。通过合作交流，促进了我所科研工作在广泛的领域进入国际舞台。

（ 1 ）、海洋生物技术与资源开发方面的合作与交流。

    2001 年海洋极端生物国际研讨会在厦门召开，开拓了我所极端微生物科研工作与国外同行交流的渠道，展示了我国在该方面研究的水平和地位，使我国该项研究受到了国际同行的关注。“十五”期间，日本加藤千明教授先后四次访问我所。 2008 年 8 月以来，我所和美国斯科里普斯海洋研究所进行了多次的学术交流活动。 2005 年应法国 Western Britanny 大学的邀请，我所肖湘研究员进行了考察访问和学术研究和交流。我所与瑞典合作展开对虾病害研究， 2004 年，应徐洵院士邀请，瑞典 Uppsala 大学教授访问我所，达成合作意向，定于随后几年进行人员互访，并讨论在我所共同举办国际会议。

（ 2 ）、海洋 - 大气化学与全球变化研究方面的合作与交流。

    国家海洋局海洋 - 大气化学与全球变化重点实验室自 2002 年成立以来，就立足学科发展前沿，广泛与国际上先进的实验室开展合作研究。先后与国际北极研究中心、英国东安格利亚大学、美国国家海洋大气局、美国罗得岛大学、日本东京大学等进行了学术交流与合作研究，或者签署了国际合作备忘录。

（ 3 ）在海岸带管理方面的交流与培训。

    2001 年以来，海岸带综合管理培训中心为参与联合国开发计划署南中国海海岸带综合管理能力建设的示范区官员和技术人员提供了大量地培训，受到联合国开发计划署等国际组织的好评。随着我国海洋环保事业国际合作的发展，我所在 2006 年成立的“中国海洋生物多样保护与生态系统管理培训与教育中心”将在区域培训等方面发挥更大的作用，建成在中国乃至亚太地区有影响力的培训教育中心。

（ 4 ）、我所在环境动力学方面同德国汉堡大学海洋研究所达成长期合作意向，多次派人赴德国进行工作访问。

    2004 年底，受国家自然科学基金委委托，我所在厦门承办了中法海洋科学双边研讨会。在“海水养殖、养殖环境和病害防治”、“深海生态系统和极端生物”、“海洋环境、海洋污染和毒性海藻”、“海洋地质科学和矿物资源”、“海洋技术”等方向上寻找到了中法合作的契合点。初步达成了中法科学家交换登船与合作航次、资料共享的意向，为以后开展中法合作打下了基础。
    “十一五”期间，我所将在巩固和坚持已有的科技合作与交流关系的基础上，不断开展新的项目，提升合作层次。在海洋生物技术领域，我所将加强同法国、瑞典、新加坡等国家科研单位的合作。其中在深海微生物研究领域将保持和日本海洋科学技术研究中心的合作关系，并计划与美国斯克里普斯海洋研究所开展合作。与法国科研单位的合作也将进入实质性讨论和交流阶段。
    国家海洋局海洋 - 大气化学与全球变化重点实验室在“十一五”期间将大量利用项目合作，与国际知名重点实验室共同开展研究工作，利用自身优势，借助国际重点实验室来开展工作，并计划在国际学术界提高自己的知名度。
    “中国海洋生物多样性保护和生态系统管理培训与教育中心”已于 2006 年 10 月挂牌启动。在“十一五”期间，中心将发挥自己对外合作办培训的独特优势，积极开展面向全国和面向亚太地区的国际合作与培训，传播和推广先进的海洋生物多样性保护理念、技术和管理模式。