海洋生态与环境科学开放实验室成立于2003年，是在原有的环境科学开放实验室、环境与资源评价中心、环境监测与海岸带管理技术中心、生物技术中心的基础上组建而成。现有科研人员共59名，其中高级研究人员38人，具有博士学位的6人，硕士学位的23人。本研究室主要从事海洋生态环境调查、海洋生物多样性研究、海洋环境监测技术和标准制定以及环境评价与环境规划、海岸带综合管理研究等方面工作。
    曾主持和参加一系列大型海洋调查和研究，如全国第一次海洋综合调查、东海和南黄海断面调查、东海污染调查、南海中部海洋综合调查、东海大陆架调查、中美合作长江口沉积作用过程调查、福建省海岸带资源综合调查、台湾海峡西部海域海洋综合调查、福建省海岛资源综合调查、广东省和福建省港湾调查、我国专属经济区和大陆架勘测（126）专项海洋生物资源与环境调查、南北极科学考察、福建省生态环境现状调查(海域)、中加海洋围隔生态实验生合作研究等。同时还承担了大量科技部、国家和省自然科学基金课题项目，如国家863项目“大黄鱼性早熟防治技术研究”，福建省重中之重项目“海洋生物优良种质及生物活性物质应用基础研究”等，并获得多项国家、省、部科技成果奖，其中“文昌鱼生殖内分泌调控系统的发现”获国家自然科学奖三等奖。
    先后主持编制了“海洋调查规范”、 “海洋污染调查规范”，“海洋环境质量生物标准”，“国家海水水质标准”，“海洋监测规范”等，为海洋环境调查提供了监测方法和评价标准。主编出版了《中国海洋生物种类与分布》、《中国海洋浮游介形类》、《海洋生物学辞典》、《赤潮及其防治对策》、《海洋污损生物及其防除》、《西太平洋热带水域浮游生物论文集》等一系列专著。建成我国第一所海洋环境监测洁净实验室，使得海洋痕量金属处理和测定发生突破性和革新性进展。在多次国际实验室间的海水化学、沉积化学和生物体样品的互校中名列前茅，在UNDP联合国环保署的项目中，举办过多次的海洋环境监测培训班，为东亚国家培养了大批的海洋环境监测人才。
积极协助地方做好生态环境保护研究工作，是我国最早开展建设项目环境影响评价的单位之一，持有国家环保总局颁发的甲级《建设项目环境影响评价证书》，先后完成了200多个建设项目的环境影响评价、区域环境规划，曾获得福建省第一届优秀环境影响报告书一等奖、二等奖各一项，并有1人次获中宣部、国家环保总局等部门联合颁发的环境保护杰出贡献奖，1人次获全国环境影响评价先进个人称号。