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实施非营利机构改革前，我所设有国家海洋局海洋生物遗传资源重点实验室、国家海洋局海洋-大气化学与全球变化重点实验室、海洋环境科学开放实验室、海洋环境动力学开放实验室、海洋生态与环境研究中心、环境监测与海岸带管理技术中心、海洋工程勘察设计中心、环境与资源评价中心、遥感技术应用中心、应用技术中心、生物技术中心、电子技术开发应用中心等12个内设科研部门。机关设有综合办公室、科技发展处、技术开发处（开发院办公室）、产业开发处、人事处、财务处、基建办公室等7个管理部门及工会，另有《台湾海峡》编辑部、情报资料室、综合业务部、离退休办公室等4个辅助部门。
改革后，组织结构调整为：
1、7个科研部门
2、4个管理部门及工会
3、3个辅助部门
4、对所属企业进行了调整
5、积极推进后勤服务的社会化
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