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近日,我所海洋生物遗传资源重点实验室郭文斌研究团队在Nature系列期刊Communications Biology 上发表了题为”Biodegradation of PET by the membrane-anchored PET esterase from the marine bacterium Rhodococcus pyridinivorans P23”的研究论文。论文以海洋PET塑料降解细菌Rhodococcus pyridinivorans P23为研究对象,通过PET塑料降解酶的活性追踪,发现该菌的PET塑料降解酶,阐明该酶的酶学性质,提出该菌以生物膜(biofilm)形式附着在PET塑料降解PET塑料进行繁殖生长的过程和分子机制。研究显示海洋微生物在海洋塑料污染自然修复中的巨大潜力。
研究背景:
目前,PET塑料降解菌和降解酶有较多的研究报道,然而海洋环境中PET塑料降解菌和降解酶的研究报道较少,海洋环境中PET塑料的降解过程和机制也还不清楚。此前,人们已经认识到微生物在塑料表面形成生物膜是一种普遍现象,然而对附着微生物是否降解塑料进行生长,以及生物膜降解塑料的过程和机制尚不清楚。
研究结论:
(1)R. pyridinivorans P23的PET塑料降解酶为酯酶esterase (OQN32_06240),大小约为34 kDa,以单跨膜形式展示在细胞膜上,可以避免丢失到海洋环境中,序列比对发现PET降解酶(OQN32_06240)与已知的PET降解酶在进化距离上都相差较远,属于α/β_hydrolase_3亚家族,具有较高的序列新颖性,而目前已经报道的PET降解酶包括Is-PETase大多属于α/β_hydrolase_5亚家族。
(2)PET酯酶OQN32_06240的大肠杆菌异源表达纯化酶以及菌体细胞催化剂(利用表面展示的酶)均可以降解PET塑料产生BHET、MHET和TPA,也可以水解BHET产生MHET,最重要的是可以在酸性条件下水解MHET产生TPA供菌体代谢利用。
(3)由此我们提出一种海洋微生物降解PET塑料的模型,第一步,R. pyridinivorans P23在PET塑料表面附着;第二步,R. pyridinivorans P23利用细胞膜上展示的组成型表达的PET酯酶OQN32_06240对PET塑料进行降解产生MHET,产生的MHET具有一定的弱酸性使得R. pyridinivorans P23与PET塑料之间的微环境变酸;第三步,酸性环境激发PET酯酶OQN32_06240的MHET水解酶活性进一步水解MHET产生TPA;第四步,TPA被转运到细胞内进行降解利用。通过R. pyridinivorans P23在PET塑料膜表面的附着和代谢形成生物膜,生物膜在PET降解中起到两个关键作用,一是阻隔外界碱性的海水保持生物膜微环境酸性,从而激发PET酯酶的MHET水解活性;二是保留住PET降解产生的MHET、TPA、EG供生物膜代谢利用。由于MHET从PET塑料膜表面降解产生,从PET膜的表面到生物膜的表面形成一个物质和pH梯度,越靠近PET塑料膜表面的菌体细胞越容易获得代谢产物进行生长和繁殖,从而保证高活力的新菌和酶直接接触PET进行降解。
研究意义:
该研究阐明了海洋环境中微生物以生物膜形式降解PET塑料的过程和分子机制,提示海洋微生物在海洋塑料污染自然修复中的巨大潜力。
该论文第一完成单位为自然资源部第三海洋研究所,郭文斌副研究员为论文第一作者兼通讯作者。该研究得到自然资源部第三海洋研究所基本科研业务费、福建省自然科学基金及厦门市青年创新基金项目的资助。
论文链接:https://doi.org/10.1038/s42003-023-05470-1 or https://www.nature.com/articles/s42003-023-05470-1.pdf.