海洋三所现有编制505人，在编职工425人，其中有中国工程院院士1人，享受政府特殊津贴专家3人，福建省特级后备人才1人，国家特支计划青年拔尖人才1人，国家优秀青年科学基金获得者1人，省部级人才计划入选者156人次，厦门市各类人才计划170人次，具有副高级职称以上科技人员263人，具有博士学位人员233人。海洋三所是1984年国务院学位委员会批准的硕士学位授予单位，拥有1个一级学科硕士学位授权点（海洋科学）和2个二级学科硕士学位授权点（微生物学和环境科学），拥有海洋科学及相关专业博士生导师和硕士生导师175人，与清华大学、中国科技大学等高校联合招收博士研究生，在读硕、博士研究生360多人。先后与美、德、法、日等50多个国家以及我国香港、澳门以及台湾等地区的有关机构建立了交流与合作关系。2004年经国家人事部批准设立博士后科研工作站，2015年3月经国家博士后管理委员会批准为独立招收博士后科研工作站，设站至今已招聘博士后研究人员70多人，出站后留本单位工作近30人。