近五年来，海洋三所承担了科技部重点研发计划、国家自然科学基金、省市科技计划项目以及自然资源部业务支撑项目等1000余项科技计划项目，合同总额近9亿元。五年来，海洋三所发表论文1485篇，其中SCI收录文章1063篇，EI收录文章18篇；获得授权的专利283项；牵头起草的《海洋生态修复技术指南 第1部分：总则》、《珊瑚礁生态修复监测和效果评估技术指南》、《红树林生态修复监测和效果评估技术指南》、《海水中钌-106的分析方法γ能谱法》4项国家标准和《海洋生态修复标准体系》、《北极海洋生态系统评价指南》、《海滩养护与修复工程验收技术方法》、《人为水下噪声对海洋生物影响评价指南》、《琼胶寡糖》等16项行业标准已颁布实施。近五年来，海洋三所出版专著（含译著）36部，获得省部级奖项17项，其中 “复杂海岸环境沙滩保护修复关键技术与应用”获得2023年国家科技进步奖二等奖；“近岸海域生态保护修复规划关键技术研究与应用”获得2023年海洋工程科学技术奖一等奖；“印度尼西亚苏拉威西热带海洋生态系统研究”获得2020年海洋科学技术奖一等奖；“深海遗传资源调查与应用潜力评价”获得2020年海洋工程科学技术奖一等奖。