我所设有专门从事环境监测技术研究、环境调查与检测的专门机构--自然资源部第三海洋研究所海洋监测技术中心，是经国家认证认可监督管理委员会批准的国家级资质认定检验检测机构。

中心下设海洋生态环境预警监测研究室、海洋生物多样性研究室、自然资源部海洋大气化学与全球变化重点实验室、海洋动力学研究室、海洋与海岸地质研究室、海洋声学与遥感研究室、分析测试中心（仪器共享平台）和海洋可持续发展研究中心（APEC海洋可持续发展中心）等8个专业实验室。

中心作为第三方检测机构，自1995年成立以来，不断致力于提高业务工作质量和服务水平，已获得的CMA检测能力达到主场所27个类别197个项目（含265个方法）、分场所9个类别182个项目（含155个方法），覆盖物理海洋、海洋化学、海洋生物与生态、海洋地质、海洋测绘、海洋放射性和同位素、海洋物理以及其他等八大领域，近年持续为海洋科研调查、海洋环境调查评价、涉海工程建设和海洋灾害监测项目提供科学、公正、准确的海洋环境基础数据，为政府、高校和企事业单位提供高质量的监检测技术服务。